内蒙古自治区蒙药工程技术研究中心获批于2016年，由内蒙古自治区科技厅立项建设。该工程研究中心现有3个研究方向，分别为蒙药理论及资源保护利用、蒙药有效物质及药理作用机制和蒙药质量标准与新药开发研究。现有研究人员18名，其中教授5名、副教授7名、讲师6名；博士13名，硕士5名。
该工程研究中心设置主任1人、副主任1人、秘书1人，按研究方向分别设置带头人3人，人员名单如下：
序号 | 研究方向 | 带头人 | 研究人员 |
1 | 蒙药理论及资源保护利用 | 宝龙 | 宝龙，红艳，胡和珠拉，淑敏，孟和乌力吉，韩九林 |
2 | 蒙药有效物质及药理作用机制 | 辛颖 （副主任） | 辛颖，喜杰，包书茵，杨立国，刘锦文，苏日娜（秘书） |
3 | 蒙药质量标准与新药开发研究 | 陈英松 （主任） | 陈英松，包桂花，李淑艳，包黎明，吴东兴，王胡格吉乐图 |
该工程研究中心的主要研究内容包括：
（1）蒙药理论及资源保护利用：
开展蒙医文献研究、蒙医史研究、蒙医基础理论研究；蒙药材种植规范化研究、蒙药资源保护与利用研究、药食同源的开发研究。通过深入挖掘和整理蒙医药的传统知识体系，探讨蒙医药与现代医学的结合点，为蒙医药的现代化发展提供理论支持。在促进蒙药资源的可持续利用，推动蒙药产业的发展，传承蒙药文化。
（2）蒙药有效物质及药理作用机制：
对蒙药经典验方及具开发前景的特色蒙药化学成分跟踪分离鉴定或分析，明确其物质基础；运用现代药理和生物技术对蒙药经典验方及特色蒙药的主要药效学研究，阐明其作用机制，为蒙药现代化提供基础。
（3）蒙药质量标准与新药开发研究：
开展蒙医药标准化研究，完善蒙医药标准体系，提升蒙医药质量水平，保障群众用药安全，推动产业高质量发展；对蒙药经典验方进行剂型改革，研发临床疗效显著蒙药临床新制剂，顺应临床需求；开展蒙药“混淆品”鉴别和药材质量评价、非药用部位的研究与开发，丰富药用资源。
该工程研究中心自成立以来，承担155项科研项目，其中省部级及以上项目90项。发表学术论文170篇，其中SCI论文16篇，中文核心期刊论文29篇；主编学术专著15部，参编学术专著及教材44部；申请国家专利17项，已授权专利13项；获科技成果奖励58项，其中自治区级奖励20项。获批自治区级人才2项。培养博、硕士研究生50余名。