内蒙古自治区蒙医药重点实验室，2011年由自治区科技厅批准成立。以内蒙古自治区重点学科“蒙医学”、国家中医药管理局重点学科“蒙药学”、中药学（蒙药学）博士学位授予一级学科为基础，以内蒙古民族大学蒙医药学院和蒙医药研究中心为主体，整合内蒙古民族大学附属医院、医学院等优势资源组建。实验室科研用房建筑面积3000㎡，下设蒙医基础理论与文献实验室、蒙药化学与仪器分析实验室，蒙药药理实验室，蒙药炮制实验室，蒙医诊断学实验室、蒙药鉴定与药用植物实验室以及实验管理中心。重点实验室专用设备300台，价值3725.734万元，另外720 ㎡的SPF级洁净动物实验室及核磁共振仪，二代测序仪，超高分辨率激光DNA修复，液质联用仪等全校开放共用贵重平台设备6台，总价值2000万元。实验室硬件设施在同类学科、实验室中达到领先水平。2019年第一批自治区重点实验室评估中该实验室被列为优秀。
重点实验室由内蒙古民族大学蒙医药学院院长拉喜那木吉拉教授担任重点实验室主任，由内蒙古民族大学党委委员、副校长陈英松教授担任学术委员会主任。目前固定在编研究、技术人员达到42人，其中教授15人，副教授8人，博士学位人员占71.4%。现有流动人员（包括澳大利亚，蒙古国，韩国及国内）30人，具有博士学位的10人，其中教授3人，副教授7人，在读博5人，具有硕士学位的5人。2017年至今，从国内和来自日本的留学人员中，引进高层次人才9人。实验室注重人才培养，针对蒙医药标准化、现代化、产业化发展需求，以博士、硕士、学士多层次人才培养为宗旨，形成了多学科、多专业、学位层次和专业技术职称分布合理的老、中、青三代结合的学科梯队。
近五年，重点实验室分别承担国家重点研发计划课题、国家自然科学基金项目、内蒙古自然科学基金项目、内蒙古标准化研究项目等，合计50余项；发表学术论文200余篇，出版专著10部；申请发明专利10项；获自治区科技进步二等奖2项，自治区自然科学进步奖一等奖2项，三等奖3项。
